1月29日，吉林省应对新型冠状病毒感染的肺炎疫情应急指挥部正式投入使用。
按照吉林省委、省政府的要求部署，从1月28日晚，吉林省卫生健康委员会连夜组织搭建办公场所，调整安排办公用房、紧急采购办公设备、检测网络运行通信、协调安排运行保障，仅用一天时间，应急指挥部便正式启用。
疫情应急指挥部分为综合组、疫情防控组、医疗救治组、科研公关组、宣传组、对外合作组、物资保障组、督导检查组及三个专家组，能够满足120人的日常办公使用。由于战胜疫情需要争分夺秒，在涉及疫情排查、防控、患者救治等方面，吉林省委宣传部、吉林省工信厅、吉林省卫健委等多部门采取联合办公机制，节省时间，提高效率，做到“一有命令，快速反应、迅速执行、有效协调”，最大限度简化行政流程，及时、迅速、高效、坚决地执行上级领导的各项工作指示。
此外，应急指挥部还在疫情防治期间，承担小组例会、省政府每日调度会、外省来我省人员的梳理排查、疑似病例的确定上报、舆情的宣传引导、重症病人的医疗救治等工作。
